吴起在政治、指导战争诸方面积累了丰富的经验，他把这些经验深化为军事理论。《汉书·艺文志》著录《吴起》48篇，已佚，今本《吴子》六篇(《图国》、《料敌》、《治兵》、《论将》、《变化》、《励士》)，系后人所托。其主要谋略思想是：“内修文德，外治武备”。他一方面强调，必须在国家和军队内部实现协调和统一，才能对外用兵，提出国家如有“四不和”，就不能出兵打仗；另一方面强调必须加强国家的军事力量。
吴起继承了
孙武的“知己知彼，百战不殆”的思想，在《料敌》篇中强调了了解和分析敌情的重要意义，并且具体指出了处于6种情况的国家，不可轻易与其作战。他懂得战争是千变万化的，要根据不同的情况而采取应变的措施。在《应变》篇具体论述了在仓卒间遭遇强敌、敌众我寡、敌拒险坚守、敌断我后路、四面受敌及敌突然进犯等情况下的应急战法和胜敌的策略。
《治兵》《论将》和《励士》3篇主要阐述了他的治军思想。他认为，军队能否打胜仗，不完全取决于数量上的优势，重要的是依靠军队的质量。质量高的标准是：要有能干的将领，要有经过严格训练的兵士；要有统一的号令；要有严明的赏罚。他重视将帅的作用，尤其是重视将帅的谋略，强调好的将帅应有优良的品质和作风。重视士卒的训练，提高实际作战能力。强调赏功以励士兵。
点评：吴起是继
孙武之后，即善于用兵同时又具有高深的军事理论的第一人。历史上，吴起作为军事家与
孙武齐名，后世论兵，莫不称“孙吴”。作为政治家、改革家，他与商鞅齐名。吴起一生在鲁、魏、楚三国出将入相，显示了卓越的军事才能，对后世用兵起了深远的影响。同时，他治军严明，能与士卒同甘共苦，又深得部众之心。但其为博取功名而杀妻求将的做法，一直被后人所不耻。